該縣109學年度停辦、改制及合併學校，說明如下：
(一)停辦學校：高樹鄉南華國小。
(二)改制為分校：內埔鄉育英國小。
(三)合併分班或分校：里港鄉土庫國小信國分班、竹田鄉大明國小鳳明分班、枋寮鄉東海國小太源分校及車城鄉車城國小保力分校。